Modelagem molecular de fármacos: Programas de modelagem molecular

Programas para cálculos, desenhos e visualizações tridimensionais

Diversos programas são disponíveis e de fácil acesso, como ChemDraw, Isis Draw e ChemDraw Ultra. Eles permitem a elaboração de figuras e diagramas com qualidade e exatidão desejadas e facilitam o trabalho de documentação e comunicação científica. Eventualmente os programas ofertam os desenhos realizados na forma de perspectiva, representando moléculas nas diferentes projeções de fisher, newman e hawortf. Alguns programas permitem o cálculo e a representação de várias propriedades moleculares, incluindo fórmula e massa moleculares, massa exata e análise teórica elementar.

Fígura 1. Desenhos de fármacos com aspectos estereoquímicos relevantes. (ChemDraw)

Nos programas de desenhos 3D, as moléculas podem ser representadas em uma grande diversidade de formatos, como arame, bastões, esferas e cilindros e "space filing", construídas a partir de comprimentos e ângulos de ligação (geometria) padronizados.

Figura 2. Diferentes representações de sulfametoxazol, (3a) arame, (3b) cilindro e esfera, (3c) cilindro e (3d) "space filing" (Chem3D)

Os métodos computacionais de modelagem molecular de fármacos desempenham papel extremamente importante em química medicinal moderna e no processo de planejamento de fármacos, tanto na indústria quanto na academia. A criação de modelos de interação intermolecular e de QSAR permite a identificação de características químicas e estruturais essenciais no processo de reconhecimento molecular. Essas informações, aliadas ao conhecimento em química medicinal e química sintética, são fundamentais na geração de novas classes de candidatos a fármacos com propriedades farmacodinâmicas e/ou farmacocinéticas otimizadas.